Les Japonais, une espèce menacée qui porte en elle des humains archaïques｜Néandertal et Denisova

Dans notre corps vivent encore les traces de ceux qui se sont éteints depuis longtemps.

Il y a environ 40 000 ans, les Néandertaliens ont disparu sans prévenir des terres d’Eurasie. Entourés de mystère, on dit en général qu’ils furent « une autre humanité », absorbée par métissage et supplantée par Homo sapiens ; mais ils ne se sont pas simplement éteints : tout au fond de nos cellules, dans le génome, ce plan de la vie, ils ont gravé une trace certaine et continuent de vivre.

Chose étonnante, le génome des Japonais d’aujourd’hui contient environ 2 à 3 % d’ADN d’origine néandertalienne. Cependant, le métissage avec Néandertal témoigne que les humains modernes, une fois sortis d’Afrique, se sont unis aux humains archaïques qui s’y trouvaient déjà, et toute personne non africaine porte entre 1 et 4 % de cet héritage. Autrement dit, porter des gènes d’humains archaïques n’a rien de rare à l’échelle du monde.

Mais le génome de nous autres, Asiatiques de l’Est, possède une singularité remarquable. Premièrement, il est établi que les Asiatiques de l’Est conservent 20 à 40 % de gènes néandertaliens de plus que les Européens. Et deuxièmement, outre Néandertal, nous avons hérité du sang d’une autre humanité archaïque éteinte, les Denisoviens.

En 2024, une étude a produit un choc discret. Le RIKEN japonais et d’autres ont analysé le génome complet de 3 256 Japonais, et il s’est avéré que le génome des Japonais d’aujourd’hui contient pas moins de 44 régions d’ADN d’origine humaine ancienne. D’après le rapport du RIKEN, 11 régions sont d’origine néandertalienne, auxquelles s’ajoutent des apports denisoviens et d’autres.

L’héritage de plusieurs humanités éteintes, tissé comme une mosaïque et qui subsiste encore avec une grande fréquence. C’est là que réside la singularité rare du fond génétique des Japonais. En réalité, il n’existe pas, dans le monde, d’autre peuple de ce genre. En un sens, les Japonais sont peut-être une espèce menacée qui porte encore dans son génome plusieurs humanités archaïques (antérieures à Homo sapiens) et continue d’exister.

Ce qui est intéressant, c’est que cet héritage génomique venu des temps anciens n’est pas une simple mémoire du passé. Il est profondément lié à notre corps d’aujourd’hui et aux maladies elles-mêmes.

Par exemple, on sait que la variation génétique autour de SLC16A11, héritée de Néandertal, augmente d’environ 25 % le risque de diabète de type 2 et de troubles du métabolisme des lipides, mais ce fardeau génétique que portent les Asiatiques de l’Est atteint, chez eux, environ 21,5 fois celui des Européens. De plus, NKX6-1, d’origine denisovienne, intervient aussi dans la sécrétion d’insuline et agit comme un risque de diabète propre aux Japonais.

De même, le groupe de gènes TLR d’origine néandertalienne est l’héritage de l’époque où le système immunitaire s’est aiguisé pour nous protéger de pathogènes inconnus ; mais, à l’époque moderne où les pathogènes ont reculé, il est devenu le foyer d’une réaction excessive : l’atopie et les allergies. Ainsi, plus l’analyse génétique progresse, plus le mystère de notre existence même de « Japonais » se dresse peu à peu, depuis le fond.

Ce qui retient mon attention à titre personnel, c’est le lien avec la dépression, fréquente chez les Japonais. En 2016, une vaste étude américaine qui avait relié les dossiers médicaux électroniques et les génomes d’environ 28 000 personnes a montré que certaines séquences d’ADN d’origine néandertalienne sont significativement associées au risque de dépression chez les modernes. La recherche est encore en cours, mais on pense aussi que le type de gènes néandertaliens pourrait expliquer environ 1 à 2 % du risque de dépression d’un individu.

Ce qu’il ne faut pas se méprendre, c’est que les Néandertaliens n’avaient pas des « gènes défectueux qui causent la dépression ». Au contraire, le fait était inverse. D’abord, les variations les plus fortement corrélées au risque de dépression se concentrent près des gènes de l’horloge biologique (les gènes qui gouvernent le rythme circadien).

Pour les humains modernes qui, sortis d’Afrique, ont pénétré en Eurasie à haute latitude, où l’ensoleillement oscille violemment selon les saisons, intégrer le rythme de sommeil et d’éveil des Néandertaliens, déjà adaptés à cet environnement, fut une sagesse en jeu pour la survie. Franchir les ténèbres de l’hiver rude, synchroniser son corps sur le cycle de la lumière : c’était un raccourci admirable que l’évolution avait préparé.

Or, à l’époque moderne, où la nature est détruite, où l’on vit éclairé par la lumière artificielle et la lumière bleue, où le travail de nuit et la vie irrégulière sont devenus la norme, ce rythme ancien provoque un grave décalage. Une horloge biologique optimisée pour l’environnement des temps anciens perd son chemin dans la lumière des villes qui ne dorment pas de vingt-quatre heures. C’est un fait que cela engendre des troubles du sommeil et ouvre la porte à la dépression.

L’immunité présente la même structure. Une partie des gènes hérités de Néandertal renforçait la réaction inflammatoire contre les pathogènes inconnus et accélérait la coagulation du sang pour éviter les hémorragies. Or cette immunité robuste, qui sauvait des vies dans l’Antiquité, se change, dans l’environnement moderne trop assaini, en inflammation excessive. Et, aujourd’hui, la micro-inflammation chronique qui couve silencieusement dans le cerveau est précisément considérée comme l’une des causes probables de la dépression.

C’est la plus grande preuve que la force protectrice des temps anciens ronge, à travers le temps, le cœur des modernes. L’image des Japonais que l’on appelle la première nation au monde dépendante du jeu (le pachinko), et l’influence sur les troubles de l’humeur par le biais de changements dans la structure du cerveau, ont la même racine. Autrement dit, plus on porte de « vieux gènes », moins l’environnement moderne convient. On peut même traduire l’époque moderne comme une structure créée par la puissance d’Homo sapiens pour balayer entièrement de la surface de la terre les anciennes puissances, et plus la recherche génétique avancera, plus nous ferons face à une immense contradiction.

Et notre mélancolie n’est peut-être ni une faiblesse individuelle ni un dérèglement des substances du cerveau, mais l’écho d’une profonde fracture entre un corps adapté à l’environnement des temps anciens et la civilisation moderne, qui a filé à toute allure en l’abandonnant derrière elle.

En même temps, même en disant « les Japonais », il s’agit d’un génome complexe fondé sur trois groupes ancestraux. Sur ce socle se superposent encore, à plusieurs couches, l’héritage antérieur à Homo sapiens, celui de Néandertal et de Denisova, dessinant une carte de sensibilité aux maladies singulière, sans équivalent au monde. Le « raccourci de l’évolution » que l’humanité a saisi jadis pour survivre sur de nouvelles terres couve aujourd’hui en nous, comme foyer de maladies modernes (dépression, diabète de type 2, allergies), sous l’effet de la grave transformation du cadre de vie.

Les Japonais, héritiers de plusieurs humanités archaïques éteintes, sont-ils voués à s’éteindre au terme de notre époque ? Ou bien seront-ils l’unique lumière qui montre l’« au-delà » du monde d’Homo sapiens, ce conquérant qui est allé trop loin, dont tout est devenu excès et qui s’est enfin retrouvé dans l’impasse ?

Comment tendre l’oreille à la voix des temps anciens qui dort encore en nous ? Et que nous disent ceux qui devaient avoir disparu ? Notre corps, qui traversera la seconde moitié du XXIe siècle, pose déjà cette question depuis les profondeurs de la vie.