Les Yayoi de Doigahama étaient majoritairement d'ascendance migrante｜le génome qui a renversé la thèse d'une origine nord-est-asiatique

Qui sont les Japonais ? La réponse à cette question n’est, aujourd’hui encore, à l’orée de la seconde moitié des années 2020, presque pas éclaircie. À mon sens, il y a deux grandes raisons. L’une est que la situation particulière d’un pays insulaire rend son élucidation plus compliquée. L’autre est que la situation en Asie de l’Est fait obstacle aux recherches communes.

Dans ce contexte, un site découvert il y a près de cent ans retient de nouveau, discrètement, l’attention. C’est le site de Doigahama, dans la préfecture de Yamaguchi. Doigahama est un petit village face à la mer de Hibiki, sur la côte de la mer du Japon, et il attire presque l’attention de personne.

Mais pour qui s’intéresse à l’anthropologie, ce lieu reste un endroit important dont on ne détache pas les yeux. Car on y a découvert un cimetière de Yayoi vieux de plus de 2 300 ans. La découverte elle-même remonte à 1930, et, après près de cent ans de recherches, on y a exhumé jusqu’à aujourd’hui quelque 300 squelettes serrés les uns contre les autres, ce qui place le site à une position extrêmement importante, en première ligne de la recherche sur les Yayoi.

Or ici, ce qui est épineux, c’est l’existence des Yayoi. On les considère en général comme un groupe apparu après les Jōmon, et ils sont le point de jonction avec les gens des Kofun qui viendront ensuite. Si l’on prend les Jōmon comme autochtones et comme axe, c’est l’époque où commencent, pour la première fois, des migrations à grande échelle.

Les ossements humains n’intéressent généralement pas, mais ils sont des capsules temporelles qui conservent l’histoire des ancêtres, et, en étudiant les traits du squelette et les gènes, la silhouette des ancêtres se dessine avec une précision honorable. Et le site de Doigahama est le point d’appui le plus important pour reconstituer l’aspect des anciens.

Dans le monde de l’anthropologie, on commence à penser que, tandis que les caractères physiques des Jōmon sont restés relativement constants à travers l’archipel japonais, les Yayoi formaient un ensemble extrêmement divers. On opposait jadis deux termes, les « Jōmon » et les « Yayoi », mais cette manière de voir est déjà abandonnée, et, à l’heure actuelle, on peut les saisir comme des gens qui ont vécu à l’époque Jōmon, relativement susceptibles d’appartenir à un même type, et des gens qui ont vécu à l’époque Yayoi, d’une diversité considérable.

Pourtant, quant à la véritable identité des Yayoi, la confusion est vive ces dernières années, et il y a cette étrange réalité : leur visage change presque chaque année. Par exemple, jusqu’à il y a quelques années, on pensait que les Yayoi du nord-ouest de Kyūshū, centré sur Nagasaki, et ceux de Doigahama étaient entièrement différents, bien que de la même époque.

Mais, récemment, la situation est devenue encore plus complexe. Les résultats d’une recherche conjointe de l’Université de Tokyo, du groupe de recherche du site de Doigahama et d’autres ont été publiés en janvier 2026. En analysant les séquences du génome nucléaire de quatre individus yayoi, vieux d’environ 2 300 à 2 500 ans, exhumés de deux sites de la préfecture de Nagasaki, dans le nord-ouest de Kyūshū, on a établi que, sur les quatre, deux conservent des composantes génomiques presque identiques à celles des Jōmon, tandis que les deux autres portent à la fois des composantes d’origine Jōmon et d’origine migrante.

Mis en regard des résultats de l’analyse du génome complet d’un individu du site de Doigahama, menée un peu plus tôt, en 2024, un tableau inattendu s’est dégagé. Laissons de côté ce qui est difficile : pour dire simplement, les Yayoi du nord-ouest de Kyūshū, à Nagasaki, ont été détectés comme des Jōmon et comme un mélange de Jōmon et de Yayoi, et ils possédaient abondamment des composantes d’origine à la fois Jōmon et migrante. En revanche, l’individu de Doigahama possède des éléments Jōmon, mais très peu, et il s’est montré écrasamment d’ascendance migrante. Pour le dire à grands traits, les Yayoi de Doigahama avaient environ 5 % d’éléments Jōmon, environ 20 % d’éléments nord-est-asiatiques, et le reste, de façon inattendue, était occupé par des éléments est-asiatiques.

Si j’ai dit « inattendu », c’est qu’en réalité, au début des années 2020, on pensait que les Yayoi étaient d’origine nord-est-asiatique. C’est ce qu’on appelle la théorie de la triple structure des Japonais : avant la publication de ces résultats, on considérait que le contact avec les populations est-asiatiques avait été extrêmement limité, et l’on supposait qu’il n’y avait pas de lien direct avec les Yayoi. Tout cela a été retourné.

On peut donc dire que les Yayoi qui vivaient à Doigahama étaient fondamentalement d’ascendance migrante, mais, fait très intéressant, on avait signalé, bien avant tout test génétique, que ces Yayoi présentaient des traits presque identiques à ceux des ossements d’un certain peuple ancien.

La prochaine fois, je parlerai du mystère des Yayoi de Doigahama et de l’origine qui était déjà suggérée.